1993年1月5日，为扩大珠海市建深水大港的知名度，时任国务院总理李鹏把高栏港改名为珠海港。3月，为了加快珠海港的开发建设步伐和强化珠海港的行政管理工作，市委、市政府决定成立珠海市珠海港管理区。管理区是市委、市政府的派出机构，代表市委市政府对珠海港实施行政管理职能。主要任务是：执行市委、市政府制定的港区发展战略，加强港区的规划建设、国土开发和社会治安管理工作，积极引进国内外资金和高科技产业，大力发展第三产业，努力把珠海港建设成为现代化的国际性海港。按照市委、市政府决定，珠海港管理区管辖范围为：南水镇（原属三灶管理区）和南水分场（原属平沙管理区）。4月1日，市委、市政府在珠海港召开会议，宣布成立珠海港管理区并任命管理区领导班子。何国胜任党委书记、区长，杜国志任党委副书记、副区长，杜志锭、林如稳、杨林华任党委委员、副区长。按照市编制委员会批复，珠海港管理区机关内设：党委办公室、管理区办公室、组织人事办公室（组织科、人事科、劳动科）、建设办公室和经济贸易办公室，编制60名。5月，市编委批准增设区计划财政办公室（负责计划、统计、审计、项目立项审核、协调财政、税务、工商等部门）和文教卫办公室（负责教育、文化、广播电视、卫生、体育和计划生育）。7月，设立珠海市财政局珠海港分局，8月，设立区纪检监察办公室、劳动安全生产办公室，将原南水镇人民武装部改称为珠海港管理区人民武装部，并设立区劳动保险公司、劳动服务公司、人才交流中心。同年，珠海市工商局珠海港分局、珠海市税务局珠海港分局、珠海市规划局珠海港分局、珠海市国土局珠海港分局相继成立。1993年9月，为了发挥珠海港在我市对内、对外经济中的重要作用，精简机构、减少重叠管理层次，市政府决定，珠海港务局和珠海港管理区合署办公，实行两块牌子、一套班子。市政府原授予珠海港务局和珠海港管理区的管理职能和所辖企业不变，即珠海港管理区管辖南水镇、南通公司，珠海港务局管辖九洲国际货柜码头有限公司、高栏国际货柜码头有限公司、珠海港务集团公司、香洲港务总公司、前山港务公司、井岸港务公司、珠海市外轮代理公司、珠海市外轮理货公司、航道公司、引航公司等。

     1994年6月，根据珠海港管理区和珠海港务局合署办公的实际需要，市编制委员会批复区（局）机构设置为：党委办公室、行政办公室、港口建设办公室、港口管理办公室、经济贸易办公室、计划财政办公室、文教卫办公室、计划生育办公室、农渔业办公室、纪检监察办公室、劳动安全生产办公室、城建办公室和人民武装部。编制98名。同年，珠海市公安局珠海港分局成立。

     1996年7月，高栏港区被国家批准为一类对外开放口岸并正式对外开放。同年，设立高栏海关、高栏动植物检验检疫局、高栏卫生检验检疫局、高栏边防检查站和口岸办事处等联检机构。     1999年7月，为了加快临港工业发展，强化港口管理，实现政企分开、政事分开、政资分开，珠海市委、市政府对珠海港管理体制实行重大改革。撤消珠海港管理区，成立珠海临港工业区管理委员会、高栏港区建设管理委员会（两块牌子，一套人员），将原管辖的南水镇和南通公司划归三灶管理区管辖；撤消珠海港务局，成立珠海市港务管理局，与珠海市交通局合署办公；撤消珠海港务集团公司，组建珠海市港口集团公司，隶属珠海市国资局管理。7月28日，珠海临港工业区管委会和珠海港建设管理委员会正式挂牌运作。珠海临港工业区管委会作为全市五大经济功能区之一，行使市一级经济管理权限，主要任务是进一步完善高栏港基础配套设施的建设；加大招商引资力度，以高栏深水大港为依托，现代临港工业和国际性仓储保税业。根据市委、市政府决定，珠海临港工业区是市委市政府的派出机构，规划面积64.4平方公里。内设机构：党政办公室、经济发展局、建设规划国土局、劳动人事局、财政局。     2000年2月12日，市委组织部发文，同意叶志雄兼任珠海港建设管理委员会主任；陈杰、林如稳同志兼任珠海港建设管理委员会副主任。     2003年5月11日，珠海市启动园镇互动、强镇富民发展战略，创建产值超百亿元中心镇，南水镇被列为全市五个考核镇之一。6月25日，市委、市政府在临港工业区召开加快临港工业区—南水镇“园镇互动”工作会议，对进一步加快临港工业区—南水镇“园镇互动”工作进行了安排和部署。     2006年4月27日，临港工业区行政中心正式揭牌运作。同年7月3日，珠海市委、市政府对高栏港区域所在的珠海临港工业区和南水镇实施“区镇合一”体制改革新模式，正式成立珠海高栏港经济区。港区首期发展范围为南水镇地区183平方公里，规划控制范围为整个高栏港区330平方公里。港区管委会作为市人民政府的派出机构，根据授权履行同级人民政府行政审批、经济协调与管理的职能，对区域内的经济和社会事务实行统一领导、统一管理。南水镇由金湾区管辖调整为“区镇合一，即港区和南水镇合一，由市直管”，同时实行统一规划、统一基础设施建设和招商引资以及统一资源配置。管理体制的调整，标志着珠海加快了高栏大港口的开发建设、港口资源的重新整合利用和经济发展大提速的开始。8月18日，高栏港经济区正式挂牌运作，临港工业区管理体制调整工作圆满完成。8月23日，珠海市国土资源局高栏港分局、珠海市规划局高栏港分局分别揭牌并正式运作。     2008年7月25日，在高栏港经济区召开市港口管理局、高栏港经济区、珠海港集团有限公司干部大会，对港口开发和建设管理体制进行改革，组建市港口管理局和珠海港集团有限公司，调整和充实高栏港经济区管委会领导班子。体制改革的目的是要加强领导，形成港口行政管理、港口经营开发和港区建设发展既分工明确又一体联动的工作格局，充分发挥港口的引擎作用，充分发挥港区的龙头作用，推动西部大开发，实现珠海新一轮大发展。
     2009年10月19日，珠海市召开金湾区、高栏港经济区、航空产业园管理体制调整会议，市委常委、市委秘书长、市委组织部长刘振新宣布管理体制调整方案，市委常委、常务副市长何宁卡，副市长、区党委书记赵建国等出席会议。此次管理体制调整将金湾区所辖平沙镇、台湾农民创业园、平沙游艇与休闲旅游区划入高栏港区管理，保留平沙镇的建制，拓宽了港区发展空间。10月23日，高栏港经济区与金湾区签订《珠海市金湾区与高栏港经济区关于平沙镇工作移交协议书》，体制调整工作全面展开。
         2012年3月，经国务院批准，高栏港经济区升级为国家级经济技术开发区，定名为“bet365官网”，成为珠江口西岸首个国家级经济技术开发区，是西江及南中国海走向世界的门户，是广东海洋经济最具活力和潜力的地区之一，更是珠海经济发展的引擎和龙头。